2006年1月新世紀第一次全國科學技術大會召開。中共中央總書記胡錦濤強調，要發揮國家高新區的重要作用，增強科技創新對區域經濟社會發展的支撐力度。隨后，國務院發布《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020年)》。

2006年1月23日經國務院批準，中關村科技園區率先啟動“未上市高新技術企業進入證券公司代辦股份轉讓系統”試點工作。

2006年5月26日科學技術部決定，科技部原火炬高技術產業開發中心、創新基金管理中心、中國技術市場管理促進中心合并重組為新的“科技部火炬高技術產業開發中心”。

2006年6月14日建設世界一流高科技園區試點工作正式啟動。中關村、上海張江、深圳、西安、武漢、成都等6個國家高新區成為首批試點園區。

2006年8月科技部召開國家高新區所在城市市長座談會，提出要以提高自主創新能力為核心，通過“二次創業”，著力推進“五個轉變”：即從注重招商引資和優惠政策的外延式發展向主要依靠科技創新的內涵式發展轉變；從注重硬環境建設向注重優化配置科技資源和提供優質服務的軟環境轉變；從產品以國內市場為主向大力開拓國際市場轉變；從推動產業發展規模由小而分散向集中優勢發展特色產業和主導產業轉變；從逐步的、積累式改革向建立適應社會主義市場經濟要求和高新技術產業發展規律的新體制新機制轉變。