在國家高新區的“二次創業”階段，創新是發展的根本動力，人才、資金、技術等創新要素的集聚已成為各高新區發展的必然要求。與“一次創業”相比，國家高新區體制機制的創新也勢在必行。
　　２００９年７月，科技部出臺的《關于發揮國家高新技術產業開發區作用，促進經濟平穩較快發展的若干意見》中明確指出，國家高新區要堅持改革創新，探索建立高新區發展的管理體制和運行機制，完善法制保障和政策措施，從而承擔起戰勝國際金融危機、促進經濟率先復蘇崛起的責任，承擔起深化改革、探索新形勢下加快發展高新技術產業新路的責任。這為國家高新區新一輪的體制機制創新指明了方向。
　　加快身份管理向崗位管理轉變培育創新人才隊伍
　　高新區初始創業團隊大多來自黨政機關及企事業單位，人力資源管理因襲機關事業單位的身份管理模式。隨著高新區在國家和區域創新體系中的地位不斷提升，身份管理帶來的弊端日益凸顯。一方面，進行身份管理的創業團隊因過于求穩，創新意識不強，創造動力不足，團隊創新行為很難長期保持蓬勃向上的態勢。另一方面，處于身份管理之外的人員或因缺乏歸屬感、或因激勵不足而難以引進，有的引進之后也難以扎根。與高新區的發展要求相比，人力資源管理亟待新的變革。
　　新時期國家高新區的創新發展，首要目標是打造一支具有創新意識和創新能力的人才隊伍，既包括企業家、技術人員，也包括管委會的領導者和管理者。要保持團隊的創新活力，一方面要強化以崗位管理為主導的人力資源管理創新，要通過不斷創新、不斷優化的崗位管理，營造崇尚創新、寬容失敗的氛圍，讓創業團隊始終保持創新創業激情，形成激勵創新創業的良好機制；另一方面也要加大創新人才的引進力度，加強對內部人才的培養，形成人才的內生成長機制。
　　加快行政主導向市場主導轉變構筑優勢創新平臺
　　高新區發展之初，開發建設資金基本上由高新區自己解決。高新區為籌措建設資金下了很大功夫，但效果并不理想。隨著改革開放的深入、市場經濟主體地位的進一步鞏固和完善，高新區開始積極嘗試市場化的運作方式。高新區繞開政策壁壘，充分借助企業在融資、經營上的優勢，競相成立了以管委會為大股東的各類開發公司，憑借企業的法人主體地位進行融資和開發，開發模式逐步由行政主導向市場主導轉變，全國高新區因此獲得了新一輪的高速發展。
　　高新區要發展壯大，必須進一步加快推進體制機制創新，不斷深化市場化運作的內涵。一是要進一步強化開發建設平臺市場化運作。高新區要加快政企分開的步伐，完善法人治理結構，優化資本結構，融入更多積極的市場因素，強化其市場化成份，使其真正成為市場主體，參與經濟建設的方方面面。
　　二是打造多層次的中小企業融資平臺。高新區要通過一定的政策引導成立各種中小企業風險投資機構、中小企業融資擔保機構、中小企業貸款公司等，鼓勵民間資本積極參與投資，實現資本市場與企業的無縫對接，以市場化的機制推動市場資金和中小企業的雙贏。
　　三是建立產學研合作平臺。高新區要依托本地的高校、科研院所和國有企業研究機構，充分發揮本地產業基礎優勢，搭建以創業服務中心為引導、各類市場化服務機構為實施主體的產學研信息平臺，實現企業的技術需求信息、高校與研究機構的人才資源和科研信息、市場的技術發展信息、國內外的前沿信息等多種信息資源共享，借助市場化的特色產學研合作平臺推動產業發展。
　　四是建立中介服務平臺。以硅谷為代表的高科技園區的發展經驗表明，中介組織及其服務是促進產業發展的關鍵因素。高新區要積極引入園區內外各類中介組織與園區內企業及管委會開展合作，促進檢測認證、項目申報、項目包裝、產品設計、價值評估、法律咨詢、知識產權等中介服務在園區的開展，使資本、技術、人才等高新技術產業關鍵要素市場充分發育，為產業要素配置發揮關鍵作用。
　　加快管理型向服務型轉變構筑優勢創新環境
　　新時期，高新技術產業化的基本規律就是“研發孵化——企業成長——產業集群”。作為高新技術產業化主陣地的高新區，其目的就是寓政府管理于服務中，為企業發展創造良好、公平的競爭環境，為產業發展提供完善的公共服務。構建服務型高新區可從以下兩個方面進行嘗試：
　　一是園區管委會職能要逐步由管理主導型向服務主導型轉變。高新區要按照“小政府、大社會，小機構、大服務”的要求，盡可能減少管理層級，簡化辦事流程，精簡與園區發展關系不大、不符合市場化改革方向的管理事務，改變過去政府過多干預經濟和社會事務的弊端，真正把工作重心放到園區環境營造和企業發展服務上來，盡可能地調動、發揮社會組織和企業參與高新技術產業發展的積極性；要通過服務職能的加強，使高新區內各法人單位真正成為經濟活動的主體，做到產權明晰、責任明確、自主經營、自主發展，以此實現要素配置市場化、投資主體多元化、科技人才社會化。
　　二是致力于由基礎性的低端服務向專業性的高端服務轉化。高新區要在做好企業項目立項手續代辦、數據統計等一般服務的基礎上，通過搭建各種科技中介服務機構、投融資服務機構、政務服務中心、大型人才招聘平臺等，加強對中介服務、科技金融服務、高端人才服務、政府公共服務等高端服務的輸出，使高新區真正成為產業升級、自主創新、企業孵化的沃土；要在設立專業園區的基礎上，針對園區主導產業搭建引進產業發展必需的設計中心、信息中心、檢測中心、倉儲中心、營銷網絡等機構，為產業發展提供專業化的服務，使產業由單純的制造環節向產品設計、原料采購、倉儲運輸、訂單處理、批發經營、終端零售等高附加值環節進行轉移延伸，形成完整產業鏈條，從而提升產業的核心競爭力。